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Trinity 中間ファイルの保存先ストレージの違いで処理時間に影響あるのか確認してみた | DevelopersIO
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Trinity 中間ファイルの保存先ストレージの違いで処理時間に影響あるのか確認してみた | DevelopersIO
Trinity は RNA-Seq データの de novo アセンブリで広く使われるアプリケーションです。本記事では、中... Trinity は RNA-Seq データの de novo アセンブリで広く使われるアプリケーションです。本記事では、中間ファイルの保存先ストレージが実行パフォーマンスに与える影響を検証します。具体的には、インスタンスストア、EBS、EFS の実行速度を比較し、その結果を分析します。 検証結果サマリ Trinity の中間ファイルの生成場所が実行パフォーマンスに与える影響を検証 インスタンスストア vs EBS(gp3) vs EFS(Elastic スループットモード) インスタンスストアと EBS(gp3)の実行速度がほぼ同じ ディスクアクセス以外のところにボトルネックがある可能性あり EFS(Elastic スループットモード)は他のストレージと比べて実行速度が約 3 倍遅い 検証内容・方法 Trinity の実行中には多くの中間ファイルが生成されます。これらのファイルは高い I/